Die Eier mit dem Mehl in einer Schüssel vermischen, mit Salz und Muskatnuss würzen und so lange schlagen, bis der Teig Blasen wirft.

Die Zwiebeln schälen, in Ringe schneiden und mit dem Pflanzenöl und 2 El Butter in einem Topf goldbraun andünsten und zur Seite stellen.

Den Käse fein reiben. Eine Auflaufform mit Butter ausfetten und mit einem Viertel der Zwiebeln und des Käses ausstreuen und bereit halten.

Den Backofen auf 180 °C (Heissluft 160 °C) vorheizen. Reichlich Salzwasser zum Kochen bringen. Mit Hilfe einer Spätzlepresse oder einer flotten Lotte ein Drittel des Teiges in das kochende Wasser drücken. Die Spätzle 1 Minute aufkochen lassen und mit der Schaumkelle in die bereits vorbereitete Auflaufform geben. Erneut mit Zwiebeln und Käse bestreuen und Pfeffer würzen. Diesen Vorgang zweimal wiederholen und mit Zwiebeln und Käse abschliessen.

Die Auflaufform im vorgeheizten Backofen 15 Minuten überbacken. Den Schnittlauch in feine Röllchen schneiden und die fertigen Käsespätzle damit garnieren.